프란시스 수도원은 도미니크 수도원과는 전혀 다른 경로를 통해 세워졌다. 프란시스 수도회는 말 그대로 일반 민중의 신앙이 수도회로 형성되어 나타난 유럽 민중 고유의 수도원이라 할 만하다. 이 수도회의 설립자 프란시스(1181-1226)는 이탈리아 움브리아 지방의 소도시 아씨시에서 태어나 직물장사를 하던 아버지 덕에 부유한 어린 시절을 보냈던 그가 기사가 되어 십자군에 참여하여 군사적으로 명예를 얻고자 하는 꿈을 가졌다. 그러나 그는 전쟁에서 부상을 입고 포로로 잡힌 경험과 투병생활을 한 경험 등은 그가 기사로서의 인생이 아니라 영적인 삶을 살도록 준비시켰다. 명상과 기도로 살던 어느날 그는 폐허가 된 성 다미안 교회에서 기도하다가 주님의 음성을 들었다. 프란시스 주의 집을 수리하라, 주의 집이 무너지고 있다. 그는 집으로 돌아가서 많은 돈을 가져다 수리비로 주었다. 그 후에 그는 어려운 사람을 돕고 문둥병자를 간호하고 기도와 명상을 하면서 지내다가 1208년 아시시에 있는 포르티웅교회에서 너희 전대에 금이나 은이나 동이나 가지지 말고 두 벌의 옷이나 신이나 지팡이를 가지지 말라. 이는 일군이 저 먹을 것 받는 것이 마땅함이니라(마10:9-10) 말씀을 듣고 그 말씀대로 행하며 하나님의 왕국을 설교하고 다녔다.

복음을 따라 사는 그의 생활을 보고 몇 명의 사람들이 함께 살기 시작했고 곧 작은 무리를 이루었다. 이렇게 무리를 이룬 후 프란시스는 가난을 따르는 삶을 살기 시작하였다. 이들이 내세운 이상은 그리스도의 제자는 단지 봉사하기 위한 존재들로서 인간과 모든 피조물을 사랑하기 위한 존재 무조건적으로 남을 사랑하기 위한 존재 겸손하기 위한 존재라는 것이었다. 이런 이유로 프란시스는 자기를 따르는 사람들을 작은 형제들이라 고 불렀다. 그들은 말 그대로 아무것도 아닌 자들로 방랑생활을 하면서 경건을 실천에 옮기고 걸식하면서 식사를 해결했다. 식사를 얻지 못하면 굶었고 헛간이나 마굿간에서 잠을 잤으며 잠자리를 얻기 못하면 노천에서 잠을 잤다. 그런데 이런 삶을 살고자 이 대열에 합류하는 사람들이 빠르게 늘어났다. 비슷한 모임들도 많이 생겨났다. 결국 이 모임은 조직화된 수도원으로 성장해 갔고 교황의 승인을 받음으로 공식적으로 탁발 수도원이 되었다.